Bis zum Inkrafttreten des Strafrechtlichen Rehabilitierungsgesetzes im November 1992 urteilen westdeutsche Gerichte unterschiedlich in der Frage der Rehabilitierung von Verurteilungen nach Paragraf 249. Betroffene, die vor 1989 durch Flucht oder Freikauf in die Bundesrepublik gelangen, erhalten dann eine strafrechtliche Rehabilitierung, wenn die Gerichte einen Missbrauch des Paragrafen 249 als politisches Strafrecht annehmen.

Anfang der 1990er Jahre gibt es eine Diskussion über den Paragrafen 249, in der unter anderem die Durchsetzung einer allgemeinen Arbeitspflicht als grundsätzlich rechtsstaatswidrig eingeschätzt und auf die politische Motivation der Verurteilungen nach dem „Asozialenparagrafen“ hingewiesen wird. Dennoch wird der Paragraf 249 kein Regeltatbestand des Rehabilitierungsgesetzes.

„In der Regel“ rehabilitiert werden unter anderem Republikflucht, Spionage, und Wehrdienstverweigerung. Verurteilungen nach diesen Tatbeständen gelten als „an sich“ rechtsstaatswidrig. Dagegen gilt bis heute eine Verurteilung nach Paragraf 249 als nicht grundsätzlich mit einer freiheitlich-rechtsstaatlichen Ordnung unvereinbar. Betroffene müssen belegen, dass sie Opfer politischer Verfolgung waren oder das Urteil in anderer Weise rechtsstaatswidrig war. Einer Anerkennung steht häufig die Schädigung Dritter, beispielsweise durch Diebstahl, Mietschulden oder Unterhaltssäumnisse entgegen, auch wenn es sich um Bagatelldelikte gehandelt hat.

In Fällen von Verurteilungen nach Paragraf 249 ist die Ablehnungsquote der Rehabilitie- rungsgerichte hoch. Wenn überhaupt, werden Betroffene oft erst in zweiter Instanz rehabilitiert. Die Verfahren ziehen sich teilweise über Jahre. Hilfe bieten die jeweiligen Landesbeauftragten zur Aufarbeitung der SED-Diktatur, die Union der Opferverbände kommunistischer Gewaltherrschaft e.V. (UOKG) und spezialisierte Anwälte.

All dies führt dazu, dass viele Betroffene bis heute nicht als Opfer politischer Verfolgung anerkannt sind und keinen Anspruch auf Entschädigung haben.